1. Syväreikäkoneistus on suljetussa tai puoliksi suljetussa tilassa, joten työkalun leikkaustilaa ei voida tarkkailla suoraan.
2. Leikkaavaa lämpöä ei ole helppo levittää. Yleensä 80% leikkuulämmöstä otetaan hakkeella leikkausprosessissa, kun taas vain 40% syvien reikien porauksessa. Leikkuutyökalu muodostaa suuren osan leikkuulämmöstä. Se on helppo hajottaa myöhään ja ylikuumentua, ja terän lämpötila voi nousta 600 asteeseen. Siksi on käytettävä pakotettua ja tehokasta jäähdytysmenetelmää.
3. Pelimerkkejä ei ole helppo purkaa. Reikän syvyyden ja sirun pitkän polun takia se on helppo tukkia, mikä aiheuttaa kärjen rikkoutumisen. Siksi lastujen pituutta ja muotoa tulisi valvoa ja pakollinen hakkeen poisto olisi suoritettava.
4. Prosessijärjestelmän jäykkyys on heikko. Reiän koon rajoituksen vuoksi reiän pituushalkaisija-suhde on suuri, poraputki on ohut ja pitkä, jäykkyys on heikko, tärinää on helppo tuottaa ja porausreikään on helppo poiketa, joten se on erittäin tärkeää tukea ja ohjata.
Terän ohjaamiseksi oikein poraan käytetään yleensä menetelmää työkappaleen ohjausreiän työstämiseksi tai ohjausholkin käyttämiseksi, ensimmäistä käytetään yksittäiskappaleiden käsittelyyn ja jälkimmäistä erätuotantoon. Syvän reiän porausvirhe johtuu kärjen ja ohjausholkin (ohjainreiän) välisestä rakosta, ja se kasvaa aksiaalivoiman kasvaessa. Ohjausholkin ja terän välisen välyksen vaikutus porausvirheeseen. Porauksen alkaessa säteittäinen voima painaa teränohjauslohkon ohjausholkin reikäseinään. Niiden välisen aukon takia terän keskipiste poikkeaa työkappaleen pyörimiskeskipisteestä. Tällä hetkellä poratun reiän halkaisija on pienempi kuin kärjen halkaisija. Kun ohjauslohko alkaa mennä koneistettuun reikään, ulkoreunaa puristetaan hieman pienemmän halkaisijan omaavan reiän seinämän vaikutuksesta niin, että poranterän keskusta siirtyy vastakkaiseen suuntaan työkappaletta siten, että reiän halkaisija laajenee ja ohjauslohkon ja reiän seinämän välinen kitka puristuu niin, että porausmomentti kasvaa nopeasti.
